Islamska zajednica u Crnoj Gori organizacija je vjernika islamske vjeroispovjesti u Crnoj Gori.
Duhovno vođstvo muslimana u Crnoj Gori zove se mešihat, a najviši predstavnik Islamske zajednice u Crnoj Gori je reis. Sjedište Islamske zajednice u Crnoj Gori nalazi se u Podgorici.
Organizovani život muslimana u današnjoj Crnoj Gori počeo je sa osmanskom vladavinom. Svi muslimani koji su živjeli u Osmanskom carstvu bili su dio islamske zajednice na čelu sa sultanom, koji je zamijenio ulogu kalifa. Tokom vladavine sultana Murata II nadležnosti kalifa prenesene su na velikog muftiju. Od tada, veliki muftija je imao titulu šeik-el-islama i smatran je najvišim islamskim vjerskim autoritetom u Osmanskom carstvu. Međutim, svaka regija u kojoj su živjeli muslimani imala je svog muftiju koji je bio podređen šeik-el-islamu.
Prestankom osmanske vlasti 1878. godine (Berlinski kongres), odnosno balkanskim ratovima, na području Crne Gore uspostavljena je vlast koja nije bila islamska.
Odredbama Berlinskog sporazuma, zagarantovana je muslimanima sloboda njihove vjere i pravo raspolaganja vakufskom imovinom u Crnoj Gori. Tom je prilikom je ustanovljeno i ustrojstvo muftiluka na čelu sa muftijom, a čije se sjedište nalazilo u Crnoj Gori. To je potvrđeno i Ustavom za Knjaževinu Crnu Goru 1905. godine.
Za prvog muftiju u Crnoj Gori postavljen je 1878. godine efendija Salih Huli, iz Ulcinja. Njega je po odobrenju kalife postavljao šeik-el-islam iz Istanbula. Njegovo sjedište bilo je prvo u Ulcinju, a zatim je premješteno u Podgoricu.
Zbog nesporazuma sa crnogorskim vlastima, Salih Huli se iselio u Skadar 1883. godine. Knjaz Nikola I uputio je molbu osmanskoj vladi da pošalju novog muftiju. U novembru 1887. godine Osmansko carstvo je poslalo istanbulskog muderisa Mustafu Tikvešliju, koga šeik-el-islam postavlja za novog muftiju u Crnoj Gori, sa sjedištem muftijstva u Podgorici. Ponovo je i između muftije Mustafe Tikvešlije i vlasti često dolazio do nesporazuma, pa je na kraju i on napustio Crnu Goru i vratio se za Istanbul. Treći muftija u Crnoj Gori izabran je Murteza Karađuzović. Dana 17. juna 1912. godine Ukazom kralja Nikole I, Karađuzović je postavljen za muftiju, sa predstavkom upućenom Mešihatu u Istanbulu, kako bi njegovo postavljenje bilo šerijatski ispravno. Svoju dužnost je obavljao sve do 1918. godine kada je na Podgoričkoj skupštini proglašeno ujedinjenje sa Srbijom, a kralj Nikola I svrgnut sa vlasti. Ovim je ukinut Podgorički muftiluk, a prvo je premješten u Niš, a kasnije u Beograd i proglašeno Vrhovno muftijstvo u Beogradu, odnosno Vrhovnim islamskim nadleštvom za Srbiju i Crnu Goru.
U Kraljevini Srba, Hrvata i Slovenaca u početku su postojale dvije islamske zajednice, odnosno dva ulema-medžlisa: jedna u Skoplju koja je pokrivala Srbiju (Severna Srbija i Južna Srbija), Crnu Goru, a druga za Bosnu i Hercegovinu, Dalmaciju, Hrvatsku i Slavoniju, Sloveniju i Banat, Bačku i Baranju, kojom upravlja reis-ul-ulema u Sarajevu. Jedinstvena Islamska zajednica uspostavljena je 1930. godine Ustavom Islamske zajednice, pri čemu je sjedište reis-ul-uleme prebačeno iz Sarajeva u Beograd. Nekoliko godina kasnije (1936) novim zakonom i Ustavom Islamske zajednice ukinute su institucije muftijstva, a sjedište reis-ul-uleme je vraćeno iz Beograda u Sarajevo.
Nakon Drugog svjetskog rata, u Crnoj Gori je 1948. osnovano Islamsko starješinstvo i za prvog predsjednika Starješinstva izabran je Husein Redžepagić, imam iz Plava, a 1959. izabran je hfz. Šukrija Bakalović, rodom iz Ulcinja, koji je obavljao dužnost sve do smrti 1975. godine.
Sljedeće 1976. godine, za predsjednika Starješinstva Islamske zajednice u Srbiji i Crnoj Gori, na zasjedanju Vrhovnog Sabora Islamske zajednice u SFR Jugoslaviji, održanog u Sarajevu izabran je Idriz Demirović, dotadašnji imam u Baru. Dužnost je obavljao sve do 2003. godine, kada se povukao iz službe i na izborima 2003. godine za reis-efendiju Islamske zajednice u Crnoj Gori je izabran Rifat Fejzić, iz Rožaja.
Raspad SFR Jugoslavije, a posebno rat u Bosni i Hercegovini, i te kako se reflektovao na muslimane u Crnoj Gori i na njihovu sigurnost. Na prostorima Bukovice kod Pljevalja, džamija u selu Planjsko je 19. aprila 1993. godine zapaljena. U selu Raščići je 20. maj iste godine eksplozivom uništen minaret na džamiji, a u selu Rosulje je izvršen napad na džamiju i tom su prilikom polomljena stakla na prozorima. Na minaret Husein-pašine džamije u Pljevlju 7. januar 1993. pucano je iz vatrenog oružja. U Podgorici je 30. septembra 1991. godine podmetnuta eksplozivna naprava pored džamije i tom prilikom su polomljena sva prozorska stakla džamije, kancelarije Mešihata i Odbora kao i obližnjih objekata, popucala fasada, a 1993. oštećena je fasada minareta od ispaljenih metaka iz vatrenog oružja. Uz džamiju u Tuđemilima kod Bara je 27. septembra 1993. podmetnuta eksplozivna naprava kojom prilikom su oštećena stakla na prozorima. U Nikšiću je 15. maja 1993. godine od eksplozivne naprave oštećena džamija u Grudskoj mahali koja ujedno predstavlja kulturno-istorijski spomenik. Na njoj su popucala stakla na prozorima, oštećena fasada i polomljen crijep.
Usljed raspada SFR Jugoslavije, dolazi i do raspada jedinstvene Islamske zajednice. Imajući to na umu, Sabor Islamske zajednice u Crnoj Gori 1994. donosi svoj Ustav, kojim potvrđuje kontinuitet Islamske zajednice u Crnoj Gori u pravnim i organizacionim pitanjima i zadržava duhovno jedinstvo s članicama bivše jedinstvene Islamske zajednice u Jugoslaviji. Po tom Ustavu Islamske zajednice u Crnoj Gori, osnovani su autonomni organi i institucije na čijem čelu je reis Islamske zajednice u Crnoj Gori. Na taj način je ova vjerska zajednica postala i jedina čije će područje duhovne jurisdikcije biti usaglašeno s granicama Crne Gore. To je dovelo do osamostaljivanja Islamske zajednice u Crnoj Gori, koja se u konačnici osamostalila od Mešihata Islamske zajednice u Sandžaku, 2006. godine.
